El Comité Ejecutivo constituye la junta directiva de la Federación, ostentando las competencias de gestión, administración y representación entre Asambleas y Consejos, además de encargarse de la ejecución de los acuerdos adoptados en estos órganos. Está formado por el Presidente, el Consiliario, el Vicepresidente, el Secretario, el Tesorero, el Animador Pedagógico, el Director de la Escuela de Tiempo Libre, el Animador de Fe, el Representante de la Sección Juvenil y otros miembros responsables de distintas áreas necesarias para el funcionamiento de la entidad. La Presidencia es nombrada por la Comisión Permanente de la Conferencia Episcopal Española.